Antonella Lugliè si è laureata in Scienze Naturali presso l'Università di Sassari nel 1984.

È Professore associato di Ecologia presso dell'Università di Sassari dal 2005. È stata ricercatore confermato della Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali dell’Università di Sassari nel periodo 2001-05 e collaboratore tecnico presso l'Istituto di Botanica dell’Università di Sassari nel periodo 1991-00. È stata professore di ruolo per la scuola media nel periodo 1986-90.

La sua ricerca scientifica riguarda l’ecologia degli ambienti acquatici e la loro gestione. Presta particolare attenzione allo studio del fitoplancton nei laghi, nelle lagune e nelle zone marine costiere, e a specifiche tematiche quali gli Harmful Algal Blooms e l'eutrofizzazione.

Ha partecipato a diversi progetti di ricerca, tra i quali:
-Regione Sardegna, compresi progetti Legge regionale 7 agosto 2007, n. 7. Tra questi, la Prof.ssa A. Lugliè è responsabile scientifico del progetto “Fioriture algali nocive in aree di particolare interesse economico della Sardegna: incremento delle conoscenze e nuovi approcci di studio finalizzati alla gestione e alla mitigazione”,
-Ministero della Sanità - Istituto Superiore Sanità - PARSE,
-Progetto di ricerca nazionale triennale (2003-2005) del Ministero MIPAF: (Project MiPA VI PT n. 6C18). “New integrated approaches to the study and mitigation of HABs in areas of shellfish farming”, coordinatore Unita? di Ricerca,
-EU-FP5, 2001-2004, STRATEGY, (EVK3-2000-00621) – “New Strategy of Monitoring and Management of HABs in the Mediterranean Sea”, coordinatore Unita? di Ricerca,
-EU-FP6, 2005-2008, SEED, (GOCE-CT-2005-003) – “Life cycle transformations among HAB species, and the environmental and physiological factors that regulate them”, coordinatore Unita? di Ricerca e coordinatore gruppo di lavoro WP6,
-FP7, 2009-2012, WISER, (226273), Water bodies in Europe: integrative systems to assess ecological status and recovery,
-Life+, 2010-2013, InHabit, (LIFE08 ENV/IT/000413 INHABIT), Local hydro-morphology, habitat and RBMPs: new measures to improve ecological quality in South European rivers and lakes,
-Life+, 2010-2013, EnvEurope, (LIFE08 ENV/IT/000399), Environmental quality and fessure assessment across Europe: the LTER network a san integrated and shared system for ecosystem monitoring,
-Italia-Francia marittimo, 2009-2012, ZOUMgest, Zone umide: sistemi gestionali per integrare le attività antropiche e la tutela della natura.

Dal 2006 è responsabile del sito “N° 14 Ecosistemi marini della Sardegna” della rete LTER Italia (Long Term Ecological Research Italy; www.lteritalia.it). 
Nel 2006 ha partecipato alla costituzione della rete nazionale BENTOX-net (www.bentoxnet.it), il network per lo studio e la gestione delle fioriture di Ostreopsis spp. e di altre microalghe bentoniche potenzialmente tossiche lungo le coste italiane. 
Nel 2006 ha collaborato con il Gruppo di Intercalibrazione Geografica della Unione Europea sui laghi mediterranei, nell’ambito degli esercizi di intercalibrazione di sistemi di classificazione biologica dei corpi idrici per l’implementazione della direttiva 2000/60/CE.
Nel 2007, su richiesta dell’Agenzia per la protezione dell’Ambiente e per i servizi Tecnici, ha fatto parte del gruppo di lavoro dedicato alle acque lacustri per l’adeguamento di metodi biologici basati sull’analisi di diversi gruppi di organismi nelle differenti tipologie di ambienti acquatici. 
Dal 2008 al 2013 è stata responsabile scientifico del “Programma per il controllo delle alghe tossiche nei siti di allevamento di molluschi bivalvi”, su incarico dell’Assessorato Igiene e Sanità e Assistenza sociale della Regione Autonoma della Sardegna.
Dal 2008 fa parte di Centro di Competenza per la Biodiversità Marina - Com.Bio.Ma (www.combioma.com/node/97) della Regione Autonoma della Sardegna, nato dalla collaborazione tra l’Università di Cagliari e quella di Sassari.
Dal 2008 ha aderito al Laboratorio Nazionale sulle microalghe marine del Consorzio Nazionale Interuniversitario per le Scienze del Mare - CoNISMa.
Dal 2010 al 2013 è stata responsabile del “Contratto per l’affidamento del servizio di analisi acque, suoli e sedimenti nell’ambito delle attività di gestione del sistema automatico della qualità delle acque in alcuni invasi della Sardegna, rete BOE I e II”, attivo con l’Ente Acque della Sardegna.
Dal 2012 è responsabile della “Convenzione di Ricerca per la realizzazione del primo caso di studio approvato in ambito LifeWatch: Patterns of ecosystem fragility to alien and invasive species in Europe”, attivo con il CNR-ISMAR di Venezia, in rappresentanza della Joint Research Unit LW-ITA e di LTER-Italia.

Dal 2013 fa parte del gruppo di esperti incaricato dal Centro Euro-Mediterraneo per il Cambiamento Climatico, su richiesta del MATTM, per l’elaborazione tecnica della Strategia Nazionale di Adattamento (SNA) ai cambiamenti climatici per l’Italia, contribuendo alla stesura del rapporto “Sintesi della conoscenza scientifica sugli impatti, vulnerabilità ed adattamento in Italia” e sull’elaborazione delle linee guida su “Elementi per una SNA in Italia”.

Dal 2013 collabora come esperto del CoNISMa al gruppo di lavoro di propria competenza, per la stesura dei piani di monitoraggio per l’implementazione della Marine Strategy Framework Directive nei mari italiani, su incarico del Ministero dell’Ambiente.